一、作用不同

1、工程跟踪审计

全面促进和提高建设单位管理水平；促进监理各尽职守，完成本职工作；通过跟踪审计，促进招投标市场规范。

2、监理

根据法律法规、工程建设标准、勘察设计文件及合同，在施工阶段对建设工程质量、造价、进度进行控制，对合同、信息进行管理，对工程建设相关方的关系进行协调，并履行建设工程安全生产管理法定职责的服务活动。

二、工作性质不同

1、工程跟踪审计

一方面，传统审计模式是在工程竣工后集中进行一次结算审计，这时要面对如在施工阶段各个施工程序中发生的大量签证。

而跟踪审计可以分时段分内容地进行动态审计，使审核思路更清晰，可缓解短时间内处理大量数据的压力。另一方面，跟踪审计可以分析前后阶段互相影响的关联因素，可以动态地监督全寿命过程各阶段的运作。

2、监理

工程监理单位是建筑市场的主体之一，建设工程监理是一种高智能的有偿技术服务。在国际上把这类服务归为工程咨询（工程顾问）服务。我国的建设工程监理属于国际上业主方项目管理的范畴。

三、工作原则不同

1、工程跟踪审计

在工程项目跟踪审计的理论研究中，研究的对象也有差异，有的研究工程项目全过程跟踪审计，有的则仅限于施工阶段跟踪审计。

2、监理

1）监理工作以委托监理合同为依据，实施监理前必须签订书面合同。

2）工程建设监理实行总监负责制。

3）应“公正，独立，自主”的开展工作，维护建设方与不损害承包方的合法权益。

参考资料来源：百度百科-监理

参考资料来源：百度百科-跟踪审计